Las sierras y los valles del municipio de Herguijuela de la Sierra poseen un valor muy importante para la biodiversidad. En sus 31,52 km2 de superficie, desde los 1.415 m de altitud de La Orconera hasta los 350 m del río Ladrillar, encontramos 2 pisos altitudinales (Supramediterráneo y Mesomediterráneo) y una gran variedad de hábitats para la vida.
Dentro del Parque Natural Las Batuecas-Sierra de Francia, nuestro municipio se considera uno de los más destacados por su flora y su fauna, con algunas especies únicas en el mundo, como un pequeño pez, la colmilleja vetona (Cobitis vettonica), que habita en nuestros ríos, y plantas raras en la región, como la insectívora Pinguicola lusitanica y la Lycopodiella inundata.